Томский казак Иван Москвитин в 1639 году поднялся по реке Мае, перешёл хребет Джугджур и, спустившись по реке Улье, впервые достиг побережья Охотского моря. Таким образом, русские первооткрыватели вышли к Тихому океану всего лишь через полвека после того, как Ермак проник в Сибирь. Поставив у устья реки Ульи зимовье, отряд Москвитина обследовал побережье Охотского моря от реки Тауи до реки Уды.
Казаки на своём пути часто вступали в схватки с местными эвенскими племенами и от одного пленника Москвитин узнал о существовании на юге «реки Мамур» (Амур), в устье которой и на островах живут «гуляки сидячие», т. е. нивхи. Он отправился морем на юг, захватив с собой пленника. Они прошли вдоль всего западного гористого берега Охотского моря до Удской губы, побывали в устье Уды и, обойдя с юга Шантарские острова, проникли в Сахалинский залив.
Первыми поселенцами Шантарского архипелага были именно нивхи. «Шантар» означает на их диалекте — «остров». Официально Шантарские острова были открыты в 1645 году исследователем Василием Поярковым. Первые научные исследования островов произведены русским учёным-путешественником Александром Миддендорфом лишь в августе 1844 года.
Несколько раз люди пытались обжить эти суровые острова. В 1830 году на острове Большой Шантар Российско-Американская Компания основала поселение по добыче зверя, рыбы и китов, которое вскоре закрылось из-за низкой рентабельности. Вторая попытка была уже при власти Советов — с 1926 по 1968 год на острове Большой Шантар было организовано поселение. В 1968 г. местный сельсовет был упразднён и теперь на Шантарах обитают только киты, сивучи, медведи и несметное количество птиц.